Krzyż Zasługi
W 1938 roku Marian Rejewski odznaczony został Złotym Krzyżem Zasługi za rozwiązanie tajemnicy Enigmy. Nadał go Prezydent RP Ignacy Mościcki na wniosek prezesa Rady Ministrów Felicjana Sławoja Składkowskiego.
Ustanowiony w 1923 r. Krzyż Zasługi mogą otrzymać osoby, które położyły zasługi dla państwa lub obywateli spełniając czyny przekraczające zakres ich zwykłych obowiązków, a przynoszące znaczną korzyść państwu lub obywatelom (Ustawa z dnia 23 czerwca 1923 r. o ustanowieniu „Krzyża Zasługi“).
Krzyż Zasługi z Mieczami
W 1945 roku Marian Rejewski otrzymał wojenne odznaczenie państwowe, ustanowione dekretem Prezydenta RP na uchodźstwie w Londynie w 1942 roku (zmieniającym ustawę z 23 czerwca 1923 r.).
War Medal 1939-1945
Odznaczenia przyznanego przez władze brytyjskie w 1948 roku Marian Rejewski nie zdołał nigdy odebrać. W muzeum Lancaster House w Londynie 4 lipca 2005 r. odznaczenie wręczył córce kryptologa, Janinie Sylwestrzak, szef Sztabu Obrony Narodowej gen. sir Michael Walker.
Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski
29 listopada 1978 roku Rada Państwa nadała Marianowi Rejewskiemu Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski. Dekoracja odznaczeniem odbyła się 12 grudnia 1978 roku w Ministerstwie do Spraw Kombatantów.
Srebrny medal „Za Zasługi dla Obronności Kraju“
W maju 1979 roku minister obrony nadał Marianowi Rejewskiemu odznaczenie wojskowe ustanowione przez Sejm ustawą z dnia 21 kwietnia 1966 r.
Krzyż Wielki Orderu Odrodzenia Polski
Postanowieniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Aleksandra Kwaśniewskiego z dnia 14 lutego 2000 roku Marian Rejewski został pośmiertnie odznaczony Orderem Polonia Restituta w uznaniu wybitnych zasług dla Rzeczypospolitej (Postanowienie Prezydenta RP).
Knowlton Award
Medal Knowltona przyznała pośmiertnie Marianowi Rejewskiemu kapituła Związku Korpusów Wywiadu Wojskowego USA na wniosek Kontrwywiadu Dowództw Sojuszniczych NATO. Odznaczenie odebrała córka kryptologa Janina Sylwestrzak podczas uroczystości zorganizowanej 4 września 2012 r. w Centrum Szkolenia Sił Połączonych NATO w Bydgoszczy. Medal Knowltona jest przyznawany od 1995 roku przez US Army Military Intelligence Corps Association w celu wyróżnienia osób, które wniosły znaczący wkład w osiągnięcia i sukcesy Wywiadu Wojskowego. (Ceremonia w CSSP NATO w Bydgoszczy)
